בסרט הנוכחי מתגלה תרופה למוטציה שעברו גיבורי הסרטים, והיא מאיימת לשנות את ההיסטוריה. לראשונה בחייהם, למוטנטים יש ברירה. הם יכולים לשמור על היחודיות שלהם, למרות שהיא מבודדת אותם ומנכרת אותם מהעולם, או לוותר על כוחותיהם ולהפוך לבני אדם רגילים. השקפות העולם המנוגדות של צ’רלס אקסווייר (פטריק סטיוארט), המטיף לסובלנות, ומגנטו (איאן מק’קלן), שמאמין בשרידת החזקים על חשבון החלשים, מתמודדות עם המבחן הסופי ומציתות את המלחמה שתסיים את כל המלחמות.